Publication: Latent representation for the characterisation of mental diseases
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Publication date
2021-07
Defense date
2021-09-20
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Abstract
Machine learning (ML) techniques are becoming crucial in the field of health and, in particular,
in the analysis of mental diseases. These are usually studied with neuroimaging, which is
characterised by a large number of input variables compared to the number of samples available.
The main objective of this PhD thesis is to propose different ML techniques to analyse mental
diseases from neuroimaging data including different extensions of these models in order to adapt
them to the neuroscience scenario. In particular, this thesis focuses on using brainimaging latent
representations, since they allow us to endow the problem with a reduced low dimensional
representation while obtaining a better insight on the internal relations between the disease and
the available data. This way, the main objective of this PhD thesis is to provide interpretable
results that are competent with the state-of-the-art in the analysis of mental diseases.
This thesis starts proposing a model based on classic latent representation formulations,
which relies on a bagging process to obtain the relevance of each brainimaging voxel, Regularised
Bagged Canonical Correlation Analysis (RB-CCA). The learnt relevance is combined with a
statistical test to obtain a selection of features. What’s more, the proposal obtains a class-wise
selection which, in turn, further improves the analysis of the effect of each brain area on the
stages of the mental disease. In addition, RB-CCA uses the relevance measure to guide the
feature extraction process by using it to penalise the least informative voxels for obtaining the
low-dimensional representation. Results obtained on two databases for the characterisation of
Alzheimer’s disease and Attention Deficit Hyperactivity Disorder show that the model is able to
perform as well as or better than the baselines while providing interpretable solutions.
Subsequently, this thesis continues with a second model that uses Bayesian approximations
to obtain a latent representation. Specifically, this model focuses on providing different functionalities
to build a common representation from different data sources and particularities. For
this purpose, the proposed generative model, Sparse Semi-supervised Heterogeneous Interbattery
Bayesian Factor Analysis (SSHIBA), can learn the feature relevance to perform feature selection,
as well as automatically select the number of latent factors. In addition, it can also model heterogeneous
data (real, multi-label and categorical), work with kernels and use a semi-supervised
formulation, which naturally imputes missing values by sampling from the learnt distributions.
Results using this model demonstrate the versatility of the formulation, which allows these extensions
to be combined interchangeably, expanding the scenarios in which the model can be
applied and improving the interpretability of the results.
Finally, this thesis includes a comparison of the proposed models on the Alzheimer’s disease
dataset, where both provide similar results in terms of performance; however, RB-CCA provides
a more robust analysis of mental diseases that is more easily interpretable. On the other hand,
while RB-CCA is more limited to specific scenarios, the SSHIBA formulation allows a wider
variety of data to be combined and is easily adapted to more complex real-life scenarios.
Las técnicas de aprendizaje automático (ML) están siendo cruciales en el campo de la salud y, en particular, en el análisis de las enfermedades mentales. Estas se estudian habitualmente con neuroimagen, que se caracteriza por un gran número de variables de entrada en comparación con el número de muestras disponibles. El objetivo principal de esta tesis doctoral es proponer diferentes técnicas de ML para el análisis de enfermedades mentales a partir de datos de neuroimagen incluyendo diferentes extensiones de estos modelos para adaptarlos al escenario de la neurociencia. En particular, esta tesis se centra en el uso de representaciones latentes de imagen cerebral, ya que permiten dotar al problema de una representación reducida de baja dimensión a la vez que obtienen una mejor visión de las relaciones internas entre la enfermedad mental y los datos disponibles. De este modo, el objetivo principal de esta tesis doctoral es proporcionar resultados interpretables y competentes con el estado del arte en el análisis de las enfermedades mentales. Esta tesis comienza proponiendo un modelo basado en formulaciones clásicas de representación latente, que se apoya en un proceso de bagging para obtener la relevancia de cada voxel de imagen cerebral, el Análisis de Correlación Canónica Regularizada con Bagging (RBCCA). La relevancia aprendida se combina con un test estadístico para obtener una selección de características. Además, la propuesta obtiene una selección por clases que, a su vez, mejora el análisis del efecto de cada área cerebral en los estadios de la enfermedad mental. Por otro lado, RB-CCA utiliza la medida de relevancia para guiar el proceso de extracción de características, utilizándola para penalizar los vóxeles menos relevantes para obtener la representación de baja dimensión. Los resultados obtenidos en dos bases de datos para la caracterización de la enfermedad de Alzheimer y el Trastorno por Déficit de Atención e Hiperactividad demuestran que el modelo es capaz de rendir igual o mejor que los baselines a la vez que proporciona soluciones interpretables. Posteriormente, esta tesis continúa con un segundo modelo que utiliza aproximaciones Bayesianas para obtener una representación latente. En concreto, este modelo se centra en proporcionar diferentes funcionalidades para construir una representación común a partir de diferentes fuentes de datos y particularidades. Para ello, el modelo generativo propuesto, Sparse Semisupervised Heterogeneous Interbattery Bayesian Factor Analysis (SSHIBA), puede aprender la relevancia de las características para realizar la selección de las mismas, así como seleccionar automáticamente el número de factores latentes. Además, también puede modelar datos heterogéneos (reales, multietiqueta y categóricos), trabajar con kernels y utilizar una formulación semisupervisada, que imputa naturalmente los valores perdidos mediante el muestreo de las distribuciones aprendidas. Los resultados obtenidos con este modelo demuestran la versatilidad de la formulación, que permite combinar indistintamente estas extensiones, ampliando los escenarios en los que se puede aplicar el modelo y mejorando la interpretabilidad de los resultados. Finalmente, esta tesis incluye una comparación de los modelos propuestos en el conjunto de datos de la enfermedad de Alzheimer, donde ambos proporcionan resultados similares en términos de rendimiento; sin embargo, RB-CCA proporciona un análisis más robusto de las enfermedades mentales que es más fácilmente interpretable. Por otro lado, mientras que RB-CCA está más limitado a escenarios específicos, la formulación SSHIBA permite combinar una mayor variedad de datos y se adapta fácilmente a escenarios más complejos de la vida real.
Las técnicas de aprendizaje automático (ML) están siendo cruciales en el campo de la salud y, en particular, en el análisis de las enfermedades mentales. Estas se estudian habitualmente con neuroimagen, que se caracteriza por un gran número de variables de entrada en comparación con el número de muestras disponibles. El objetivo principal de esta tesis doctoral es proponer diferentes técnicas de ML para el análisis de enfermedades mentales a partir de datos de neuroimagen incluyendo diferentes extensiones de estos modelos para adaptarlos al escenario de la neurociencia. En particular, esta tesis se centra en el uso de representaciones latentes de imagen cerebral, ya que permiten dotar al problema de una representación reducida de baja dimensión a la vez que obtienen una mejor visión de las relaciones internas entre la enfermedad mental y los datos disponibles. De este modo, el objetivo principal de esta tesis doctoral es proporcionar resultados interpretables y competentes con el estado del arte en el análisis de las enfermedades mentales. Esta tesis comienza proponiendo un modelo basado en formulaciones clásicas de representación latente, que se apoya en un proceso de bagging para obtener la relevancia de cada voxel de imagen cerebral, el Análisis de Correlación Canónica Regularizada con Bagging (RBCCA). La relevancia aprendida se combina con un test estadístico para obtener una selección de características. Además, la propuesta obtiene una selección por clases que, a su vez, mejora el análisis del efecto de cada área cerebral en los estadios de la enfermedad mental. Por otro lado, RB-CCA utiliza la medida de relevancia para guiar el proceso de extracción de características, utilizándola para penalizar los vóxeles menos relevantes para obtener la representación de baja dimensión. Los resultados obtenidos en dos bases de datos para la caracterización de la enfermedad de Alzheimer y el Trastorno por Déficit de Atención e Hiperactividad demuestran que el modelo es capaz de rendir igual o mejor que los baselines a la vez que proporciona soluciones interpretables. Posteriormente, esta tesis continúa con un segundo modelo que utiliza aproximaciones Bayesianas para obtener una representación latente. En concreto, este modelo se centra en proporcionar diferentes funcionalidades para construir una representación común a partir de diferentes fuentes de datos y particularidades. Para ello, el modelo generativo propuesto, Sparse Semisupervised Heterogeneous Interbattery Bayesian Factor Analysis (SSHIBA), puede aprender la relevancia de las características para realizar la selección de las mismas, así como seleccionar automáticamente el número de factores latentes. Además, también puede modelar datos heterogéneos (reales, multietiqueta y categóricos), trabajar con kernels y utilizar una formulación semisupervisada, que imputa naturalmente los valores perdidos mediante el muestreo de las distribuciones aprendidas. Los resultados obtenidos con este modelo demuestran la versatilidad de la formulación, que permite combinar indistintamente estas extensiones, ampliando los escenarios en los que se puede aplicar el modelo y mejorando la interpretabilidad de los resultados. Finalmente, esta tesis incluye una comparación de los modelos propuestos en el conjunto de datos de la enfermedad de Alzheimer, donde ambos proporcionan resultados similares en términos de rendimiento; sin embargo, RB-CCA proporciona un análisis más robusto de las enfermedades mentales que es más fácilmente interpretable. Por otro lado, mientras que RB-CCA está más limitado a escenarios específicos, la formulación SSHIBA permite combinar una mayor variedad de datos y se adapta fácilmente a escenarios más complejos de la vida real.
Description
Mención Internacional en el título de doctor
Keywords
Machine learning, Neuroimaging, Brain imaging, Neuroscience, Mental diseases, Regularised Bagged Canonical Correlation Analysis (RB-CCA), Bayesian model